Ny spatial omics-metod presenteras i Nature Biotechnology

2023-09-04

Professor Per Andrén vid Uppsala universitet lanserar, i samarbete med kollegor vid Stockholms universitet och KTH, en ny spatial omics-metod i tidskriften Nature Biotechnology. Genom att kombinera teknikerna Avbildande masspektrometri, MSI, och Spatial transkriptomik, SRT, är publiceringen ett viktigt steg för forskning om biologiska vävnader.

MSI Lab Per Andrén, Uppsala Biomedicinskt Centrum
MSI Lab Per Andrén, Uppsala Biomedicinskt Centrum

– Vår metod kan avbilda både lågmolekylära metaboliter, till exempel hjärnans signalsubstanser, och RNA-transkript – i samma biologiska vävnadssnitt – utan att kompromissa med kvaliteten eller noggrannheten i resultaten. Resultaten av studien har potential att förändra fältet för spatial biologi och sjukdomsforskning, säger Per Andrén, professor i avbildande masspektrometri vid Uppsala universitets Farmaceutiska fakultet och SciLifeLab, tillika en av studiens författare.

Metoden, framgångsrikt exemplifierad med vävnadssnitt från både möss och människors hjärnor, inriktades på signalsubstanser och deras roll i Parkinsons sjukdom. Genom att analysera de komplexa molekylära nivåerna i ett och samma vävnadssnitt kan forskarna utvinna bättre kunskap om Parkinsons sjukdom och andra komplexa sjukdomar.

En viktig del av metoden är att den möjliggör avbildning av molekyler och deras distribution i vävnaden såväl som samtidig analys av genernas aktivitet. Ett tillvägagångssätt som ger forskare möjlighet att studera samband mellan genuttryck och molekylär aktivitet på en högre nivå.

Per Andrén, Farmaceutiska fakulteten
Per Andrén, Farmaceutiska fakulteten

– Metoden är tillämpbar utanför neurobiologin med stor potential även inom olika områden av biologisk och medicinsk forskning, till exempel onkologiforskning. Genom att studera tumörmiljöer och behandlingsrespons på molekylär nivå kan metoden generera ökad förståelse för komplexa sjukdomar och optimerade behandlingsstrategier, säger Per Andrén.

Den aktuella forskningen är utförd vid SciLifeLab-plattformen för Spatial Biology med stöd från Vetenskapsrådet, Stiftelsen för Strategisk Forskning, Knut and Alice Wallenberg Stiftelse, Hjärnfonden, the Leona M. and Harry B. Helmsley Charitable Trust, EU H2020 EASI-Genomics och SciLifeLab.

MER INFORMATION

FAKTA

  • Mass Spectrometry Imaging (MSI) möjliggör analys och visualisering av endogena metaboliter, neurotransmittorer, lipider, peptider och små proteiner såväl som läkemedel och dess metaboliter, i tunna vävnadssnitt med hög molekylär specificitet.
  • Molekylära bilder skapas genom att jonisera molekyler och samla masspektra från varje position (pixel) på en vävnadsyta vid en vald lateral upplösning. Tusentals joner kan detekteras i varje pixel.
  • Distributionen av individuella molekyler på vävnadsytan extraheras därefter och en molekylspecifik bild skapas. Bilden kan korreleras med den ursprungliga histologiska bilden eller bilder framtagna med andra typer av imaging-metoder från samma eller närliggande vävnadssnitt.

KONTAKT

KONTAKTa Per AndrénPer Andrén, professor
Inst. för farmaceutisk biovetenskap
per.andren@farmbio.uu.se

text: Elin Bäckström, Magnus Alsne, foto: Mikael Wallerstedt, Dan Pettersson

Nytt vid fakulteten

Senast uppdaterad: 2024-04-04