Ny teknik för analys av proteinaktivitet i celler

2022-08-15

Med MolBoolean introducerar forskare vid Uppsala universitet en ny metod att via färgmärkning av både enskilda proteiner och komplex utvinna mer information ur cell- och vävnadsprover än vad som hittills varit möjligt. Verktyget som presenteras i Nature Communications väntas öppna viktiga dörrar inom både cellforskning och cancervård.

Doroteya Raykova och Ola Söderberg har lett arbetet med MolBoolean
Doroteya Raykova och Ola Söderberg har drivit utvecklingen av MolBoolean

Proteiner utgör centrala byggstenar i alla levande organismer. De kan beskrivas som cellens arbetare där de, tillsammans eller var för sig, utför en rad nödvändiga uppgifter. Går något fel blir konsekvenserna ofta allvarliga. Både forskning och vård uttrycker behov av effektiva verktyg för analys av proteinernas funktion och aktivitet, och i en aktuell artikel i tidskriften Nature Communications introducerar professor Ola Söderbergs team MolBoolean, en ny teknik som väntas öppna viktiga dörrar inom cell- och cancerforskning.

Ola Söderberg, professor
Ola Söderberg, professor i farmaceutisk cellbiologi 

– MolBoolean är en metod för att i enskilda celler kunna bestämma nivåer av proteiner, samtidigt som det möjliggör identifiering av hur stor andel av dessa som binder varandra. Vi har byggt vidare på ett verktyg vi skapade år 2006 och som idag används över hela världen. De funktioner vi nu adderar kommer att kunna generera information om såväl relativa mängder proteiner som relativa mängder av proteinkomplex och bättre synliggöra cellernas aktivitetsstatus och kommunikation. Vi kan likna det vid att bedöma en restaurang, tio positiva omdömen ger viss information, men det är värdefullt att veta om det är tio eller 1000 som besvarat frågan, säger Ola Söderberg, professor i farmaceutisk cellbiologi vid Uppsala universitet.

Gruppens resultat väcker stort intresse inom både akademi och industri, och just nu förbereder det Stockholmsbaserade företaget Atlas Antibodies – som nyligen övertog patentet till MolBoolean – metoden för marknaden. Verktyget har potential att bli värdefullt inom forskning, och på sikt även inom vården, då för att effektivisera rutindiagnostik och förbättra val av behandling vid cancersjukdom.

Doroteya Raykova, forskare och första författare
Doroteya Raykova, forskare och förste författare

– Målet med vår forskning är att ta fram verktyg för att synliggöra processer inuti celler, och i vårt eget team för att öka förståelsen om vad som sker i cancerceller. Kunskap om balans mellan fria och interagerande proteiner är viktig vid studier av cellsignalering, och vi tror att MolBoolean kommer att uppskattas i många laboratorier, konstaterar Doroteya Raykova, forskare vid institutionen för farmaceutisk biovetenskap och förste författare till artikeln.

MolBoolean är utvecklat av Ola Söderbergs grupp vid Uppsala universitets Farmaceutiska fakultet. Arbetet har utförts i samverkan med forskare vid universiteten i Porto och Uppsala, SciLifeLab samt Atlas Antibodies. Artikeln A method for Boolean analysis of protein interactions at a molecular level är publicerad i Nature Communications 13, 2022.

MER INFORMATION

KONTAKT

Ola Söderberg, professorOla Söderberg, professor
Uppsala universitet
Ola.Soderberg@farmbio.uu.se

text: Magnus Alsne, foto: Mikael Wallerstedt

Nytt vid fakulteten

Senast uppdaterad: 2022-03-31